Die Kirche des Neumünster Stifts (ursprünglich eine romanische Basilika des 11. Jahrhunderts) wurde über der Grabstätte des Hl. Kilian und seiner Gefährten errichtet, die hier als Missionare im Jahre 689 ermordet wurden. 1250 wurde nach einer weitgehenden Umgestaltung der achteckige Glockenturm angefügt, 1614 wurde die Kirche eingewölbt. Nach dem Abbruch der Westpartie 1711 entstanden der barocke Kuppelbau und die konkave Fassade aus rotem Sandstein, die als eines der grössten Werke des deutschen Barock gilt.
Beim Luftangriff auf Würzburg am 16. März 1945 blieb die bauliche Substanz erhalten. Die Inneneinrichtung verbrannte grossenteils, doch sind noch einige hervorragende Einzelwerke aus dem Mittelalter und aus der Barockzeit vorhanden.
Kilian, Kolonat und Totnan, Kopien der Riemenschneider-Holzfiguren von Heinrich Schiestl in der Neumünster-Kirche, Würzburg
Kilian, iroschottischer Abstammung kam 686 n. Chr. mit seinen Begleitern Kolonat und Totnan nach Würzburg, Er predigte und missionierte. Dabei bekehrte er auch den heidnischen Franken Herzog Gozbert und dessen gesamte Familie. Er brachte Gozbert sogar dazu, sich von seiner Gefährtin Gailana zu trennen, weil sie vorher mit Gozberts Bruder vermählt gewesen war. Diese heuerte aus Wut über die Trennung einen Mörder an und liess den Bischof mitsamt seinen Gefährten ermorden (ca. 689). Ihre Leichen wurden mitsamt den heiligen Geräten und dem kostbaren Kiliani-Evangeliar verscharrt.
788 wurden seine Gebeine in Anwesenheit von Karl dem Grossen in den als Grablege erbauten Dom in Würzburg überführt, dessen Nachfolgebau das heutige Neumünster mit dem Kilians-Grab ist.
Im Lusamgärtlein hinter dem Neumünster befindet sich das Grabdenkmal von Walther von der Vogelweide.