Vilshofen a été mentionné pour la première fois sous le nom de Vilusa (nom de la ferme) en 776, lorsqu'une ferme a été donnée au monastère de Mondsee (Salzkammergut). Au 12ème siècle, le nom de Vilshouen existait déjà. À cette époque, l'évêque de Passau était le propriétaire du Danube et de Vils. En 1206, Vilshofen a été élevé au rang de ville par le comte Heinrich Ier d'Ortenburg. En 1220, il est déjà fait mention d'un pont sur la Vils reliant le quartier de la nouvelle ville à l'ancien établissement sur la rive droite de la Vils (aujourd'hui Vilsvorstadt).
En 1241, le duc Otto II de Bavière a pris possession de la ville par la force après des conflits d'héritage dans la maison d'Ortenburg, faisant d'elle une ville frontière entre le duché de Bavière et l'évêché princier de Passau. La "Vilshofener Zollhaus" (maison des douanes de Vilshofen), qui se trouve sur les rives du Danube, en témoigne encore aujourd'hui.
En 1434, le sceau de la ville a été créé avec un quadrilobe en relief avec un ange comme support de bouclier et avec les armoiries de la ville dans un bouclier semi-circulaire. Peut-être l'aérodrome, autour duquel passe la piste cyclable du Danube, avait-il déjà été envisagé à l'époque.
En 1572, le duc Wilhelm V de Bavière a approuvé la création d'une saline à Vilshofen, ce qui a conduit à la construction du premier pont sur le Danube et à la création d'une brasserie de bière de blé la même année. En 1642, le monastère des Capucins de Vilshofen a été construit. La construction de la tour de la ville, qui peut encore être visitée aujourd'hui, a également commencé.
Le 12 mai 1794, l'un des nombreux incendies a détruit la quasi-totalité de la ville, ne laissant indemnes que quelques maisons sur la place de la ville. La plupart des habitants de la place de la ville portent encore la robe de la reconstruction de l'époque.
En 1842, un grand fils de la ville de Vilshofen, le maître brasseur Josef Groll, a tiré la première bière de Pilsen à Pilsen, en Bohême, et est ainsi entré dans l'histoire comme son inventeur. En 1860, la ligne de chemin de fer entre Regensburg et Passau a été ouverte, reliant ainsi Vilshofen aux autres villes de la Bavière orientale. En 1904/05, l'abbaye bénédictine de Schweiklberg a été fondée sur une colline au-dessus de la ville. La construction de l'église abbatiale de style Art nouveau a commencé en 1909.
Piste cyclable du Danube
