Die Burg stammt aus der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts. Hier lebte ein Ministerialengeschlecht der Habsburger, die Truchsessen von Habsburg und Wildegg. Mit der Burg konnten eine strategisch wichtige Stelle an der Aare kontrolliert und das habsburgischen Kerngebietes somit geschützt werden.
Nach velen Besitzerwechseln ging das Schloss Wildegg am 1. Januar 2011 in den Besitz einer vom Kanton Aargau errichteten Stiftung. Der Museumsbetrieb wurde zum selben Zeitpunkt vom Museum Aargau übernommen.