À la fin du premier millénaire, le château originel de Bösenberg faisait partie des premiers châteaux de la marche babenbergienne et était la propriété des comtes bavarois d'Ebersberg. En 1045, le château fut le théâtre d'une réunion de personnalités qui se termina par une catastrophe : Après la mort du dernier des Eberbères, Adalbero, l'empereur Henri III et de nombreux dignitaires religieux et laïcs de l'Empire s'y sont réunis pour des négociations de succession. Lors des festivités, le sol de la salle s'est effondré sur la salle de bain située en dessous et plusieurs personnalités de haut rang ont trouvé la mort, mais l'empereur n'a pas été blessé. D'après le récit contemporain de cet événement mémorable, le château était déjà un siège prestigieux et bien aménagé, avec un bâtiment principal d'au moins deux étages.
Au 11ème siècle, le château était la propriété d'Agnès, fille d'Henri IV, et par son mariage, il revint au margrave Léopold III. Depuis cette époque, Persenbeug était une principauté et fut d'abord administrée par des burgraves, puis à partir de la fin du 14ème siècle, elle fut mise en gage à des nobles. L'empereur Maximilien Ier conserva la seigneurie comme propriété personnelle de 1495 à 1519 et utilisa le château comme pavillon de chasse. En 1521, Ferdinand Ier, venu d'Espagne, reçut l'hommage des états provinciaux à Persenbeug et Ybbs.
En 1593, l'empereur Rodolphe II vendit la seigneurie aux comtes de Hoyos. Quelques années plus tard, le village devint le centre de la révolte paysanne. Durant l'hiver 1597, les paysans occupèrent le château pendant cinq semaines et s'emparèrent de la ville d'Ybbs à partir de là.
Sous les comtes de Hoyos, le château a été reconstruit au début du 17e siècle. La chapelle du château, qui se détache de la façade ouest et dont le chœur polygonal est de style gothique tardif, date également de cette époque. En 1800, l'empereur François II/Ier fit l'acquisition du château. (François II en tant qu'empereur allemand, resp. François Ier en tant qu'empereur d'Autriche), le château devint son lieu de séjour préféré en été. En 1887, l'empereur Charles Ier (1916-1918) y est né. Il fut le dernier empereur autrichien. Après plusieurs successions, les domaines de Persenbeug et de Gutenbrunn sont devenus la propriété de l'empereur François-Joseph Ier, qui les a transmis à sa fille Marie-Valérie en 1916. Aujourd'hui, le château est habité par leurs descendants, les familles Habsbourg-Lorraine et Waldburg-Zeil, et est le siège de l'administration des biens.
