Une première église existait déjà en 806. En 1136, Saint-Zénon fut fondé comme chapitre de chanoines augustins par l'archevêque Konrad von Abensberg. L'ancienne église fut démolie et le nouveau bâtiment fut consacré en 1228 après 80 ans de travaux. L'église fut dédiée à Saint Zénon de Vérone. Avec ses 90 mètres de long, Saint-Zénon est la plus grande église romane de la vieille Bavière. L'élément roman le plus important est le magnifique portail en forme d'entonnoir en marbre de l'Untersberg.
En 1512, l'église fut entièrement détruite par un incendie et reconstruite dans le style gothique tardif.
En 1803, la sécularisation eut lieu : le chapitre fut dissous et Saint-Zénon devint une église paroissiale. Des transformations ultérieures furent réalisées dans les styles baroque, néo-roman et néo-gothique, dont il reste encore quatre autels latéraux. En 1937, la partie centrale de l'autel majeur actuel fut installée dans l'église, puis complétée en 1967 par deux panneaux latéraux : la naissance de Marie, le couronnement de Marie et la mort de Marie, tous datant de 1520 environ et s'harmonisant très bien sur le plan thématique et stylistique.
Les lions du portail ne ressemblent pas aux lions d'aujourd'hui ou d'autrefois ; les tailleurs de pierre de l'époque n'avaient certainement jamais vu de vrais lions et se sont donc inspirés des sculptures de lions contemporaines.
Portail roman en arc en plein cintre
Les huit colonnes en marbre d'Untersberg sont alternativement rondes et octogonales, ornées de décorations romanes. On y trouve un paon et d'autres oiseaux, mais aussi des serpents. Tous incarnent les créatures du paradis et des enfers.
Les lions couchés sont aujourd'hui placés perpendiculairement à l'axe du portail ; à l'origine, ils étaient associés à l'avant-corps du portail et regardaient les personnes qui entraient. La gueule ouverte, ils tiennent des proies entre leurs pattes avant. Dans le tympan, on peut voir la Vierge Marie trônant avec l'enfant Jésus sur ses genoux entre deux saints : à droite, saint Rupert et à gauche, saint Zénon. Au-dessus de la Vierge Marie, on peut voir l'Agneau de Dieu. Des reliefs du VIIIe siècle sont encastrés dans les côtés du portail. À gauche, on peut voir le Dieu le Père barbu avec Adam et Ève (avec des tresses).
Cloître
Le cloître du monastère a été construit à la fin du XIIe siècle dans le style roman. À l'origine, tout comme l'église, il était doté d'un plafond plat en bois. Dans la seconde moitié du XIVe siècle, celui-ci a été remplacé par une voûte gothique à nervures avec des clés de voûte individuelles. Un relief représentant l'empereur Frédéric Ier Barberousse est sculpté dans un bloc de pierre au milieu de l'aile ouest, à l'angle d'un pilier de fenêtre. Après la sécularisation, l'aile nord du cloître tomba en ruine et dut être démolie au milieu du XIXe siècle. De nombreuses épitaphes sont encastrées dans le sol du cloître, la plupart datant de 1400 environ.

