Mit dem Bau der Michaeliskirche wurde 1183-1200 begonnen. Aus dieser Zeit stammen nur noch die unteren spätromanischen Geschosse des Turmes. Das heute noch erhaltenen Hauptschiff wurde 1278 – 1290 gebaut. Die Michaeliskirche diente im 14. Jahrhundert als Universitätskirche.
In ihr predigte Martin Luther im Jahre 1522. Im Turm befindet sich die älteste Glocke Erfurts mit dem Namen „Katharina“.
Beim Besuch mit dem Susi-Chor war die Michaeliskirche das 'Probelokal', wo wir mehrere Bach Kantaten einübten.
Compenius Orgel
Die Michaeliskirche besitzt eine der wertvollsten und ältesten Orgeln Thüringens. Zu Lebzeiten Johann Sebastians war sein Onkel Johann Ägidius Bach hier als Kantor angestellt. Im Juni 1716 machte Bach hier Station.