Le Château de Habsbourg est connu pour être le château ancestral de la dynastie des Habsbourg, dont l'ascension a commencé par l'acquisition de territoires dans les environs. Le fondateur de la lignée des Habsbourg aurait été Radbot, vers 1020/1030. En 1108, Otton II fut le premier membre de la famille à être mentionné dans un acte officiel en tant que comte de Habsburg.
Pendant près de deux cents ans, le château a servi de résidence principale aux Habsbourg. Vers 1220/1230, la famille comtale, dont la puissance ne cessait de croître, quitta le site, qui était devenu trop petit et trop peu prestigieux à ses yeux. Par la suite, il fut concédé à divers vassaux. Avec la conquête de l'Argovie en 1415 par les Confédérés, les Habsbourg, qui avaient entre-temps établi à Vienne un centre de pouvoir bien plus important, perdirent définitivement leur château ancestral. Depuis 1804, le Château de Habsbourg appartient au canton d'Argovie.