Die Habsburg ist bekannt als Stammburg der gleichnamigen Herrscherdynastie, deren Aufstieg mit dem Erwerb von Gebieten in der näheren Umgebung begann. Der Gründer der Habsburg soll um 1020/30 Radbot gewesen sein. Otto II. war 1108 der Erste des Geschlechts, der als Graf von Habsburg urkundlich nachweisbar ist.
Rund zweihundert Jahre lang diente die Burg als Hauptwohnsitz der Habsburger. Um 1220/1230 verließ das immer mächtiger werdende Grafengeschlecht die Anlage, die ihnen zu klein und zu wenig repräsentativ geworden war. In der Folge wurde sie an verschiedene Dienstleute verliehen. Mit der Eroberung des Aargaus im Jahr 1415 durch die Eidgenossen ging den Habsburgern, die inzwischen in Wien ein weitaus bedeutenderes Herrschaftszentrum errichtet hatten, ihre Stammburg endgültig verloren. Seit 1804 ist die Habsburg im Besitz des Kantons Aargau.